1937年深秋，为躲避战乱，中国医生成贤（秦汉饰）携带怀有身孕的日本妻子理惠子（早乙女爱饰）和孩子从上海逃到南京老家，他没想到南京也差不多快被侵华日军夷为废墟。被告知可以进入欧美列强势力保护的安全区避难时，成贤认为自己与难民身份不同没做理会，投靠了老朋友继续行医。以小学教师刘天琴（刘若英饰）为代表的同胞的悲剧令他震惊愤怒，但他认为自己首要任务不是反抗B敌而是尽职做好一名医生。 同年冬天12月13日，南京全面沦陷，日军开始在南京疯狂烧刹霪掠，成贤终于意识到日军的残酷麻木，让妻子先行一步去安全区躲避，自己则留下来继续救死扶伤，他不知道的是，安全区早已名存实亡，而要反抗时，他发现已无可能。任何生物都不可能在真空里存活，这是定律，所以只要把大厅里的空气全部抽去，让大厅变成真空，那么这五只怪鸟就会很快变成五只死物，那样一来，这只飞船里面才算是真正的安全了。
