阳光明媚的一天,东都体育场正进行一场东京Spirit和大阪钢巴的精彩足球比赛,江户川柯南(高山南 配音)、灰原哀(林原惠美 配音)、阿笠博士以及少年侦探团的伙伴们齐齐到场呐喊助威。城市的另一边,事务所内的毛利小五郎(小山力也 配音)却接到一通恐怖袭击的电话。经过一番努力,小兰(山崎和佳奈 配音)终于摆脱新一解开了犯人留下的暗语,成功拯救了无数人的生命。在此之后,警方和毛利一方锁定了数名嫌疑人,并随之展开调查。与此同时,躲在暗处的犯人继续策划新一轮的袭击,前所未有的大挑战,争分夺秒的对决,裹挟着无数怨恨的袭击强势袭来……看着大厅监S器里,狂暴的怪鸟不停地攻击舱壁和舱门,众人的手里都捏了一把汗,连身为船长的章女士也没有例外,在大家紧张忐忑的注视和等待下,刚才汇报还需要等五秒的驾驶人员再次开口了,给大家汇报了一今天大的好消息。